L'ammonisation
Dans l'aquarium, la transformation commence dès le premier jour de la mise en eau. La décomposition des produits organiques azotés engendre des ions ammonium ( NH4+) si le pH est acide ou de l'ammoniac ( NH3 ) si le PH est neutre ou basique. C'est la phase d'ammonisation. Ce processus ne peut avoir lieu qu'en présence d'oxygène, il s'agit d'un phénomène d'oxydation . Il est réalisé par des bactéries des genres Bacillus, Bactérium ou Micrococcus.
Si l'ammonium peut être toléré par les poissons dans la limite de 0,1 mg/l, l'ammoniac est en revanche fortement toxique. Même en faible concentration il altère le mucus des branchies et provoque leur gonflement. Il dérègle également le système d'osmorégulation des poissons qui sont ainsi contraints de vider l'eau contenue dans leur corps en urinant abondamment, il est de plus, contrairement à l'ammonium, totalement inassimilable par les plantes. Sous une température de 25°c, commune à la plupart des aquariums tropicaux, la concentration en dérivés ammoniacaux croît durant les sept premiers jours puis décline jusqu'à afficher une valeur nulle au onzième jour. Aucun animal ne doit être introduit dans l'aquarium tant qu'il renferme des dérivés ammoniacaux.