Le changement d'eau s'effectue à l'aide d'un tuyau de 13 à 20 mm de diamètre, pour une longueur de 2 mètres environ. L'extrémité qui est plongée dans l'aquarium doit être rigidifiée par un tube en PVC alimentaire d'une vingtaine de centimètres. Cette précaution facilite les manipulations pendant le siphonnage du substrat, le tuyau pouvant ainsi être dirigé à l'endroit désiré. Il faut impérativement éviter d'amorcer le tuyau en aspirant l'eau par l'un de ses bouts. L'aquariophile qui utilise cette technique finit toujours par avaler une gorgée du contenu de l'aquarium. Ce liquide est fortement chargé en matières organiques et il est déconseillé de le boire. Il est préférable d'utiliser un système d'amorçage vendu dans le commerce, ou de remplir le tuyau d'eau et de créer ainsi une dépression permettant l'écoulement du liquide.
D'aucuns préconisent de nettoyer les glaces puis d'attendre une demi-heure, pour que les particules libérées et mises en suspension puissent se déposer au fond, avant de procéder à la vidange du bac. Ce procédé se justifie lorsque le siphonnage s'effectue dans un seau posé au pied de l'aquarium. Dans ce cas, il faut toujours être vigilant pendant que l'on procède à l'aspiration du substrat car un seau, même de grande contenance, se remplit très vite. Il est conseillé d'en placer plusieurs les uns à côté des autres et de pincer le tuyau lors du changement de récipient, afin que l'eau ne se déverse pas sur la moquette. Outre une surveillance accrue, l'utilisation d'un seul seau impose un désamorçage de l'aspiration car lorsque de récipient est presque plein, il faut relever l'extrémité du tuyau plongée dans l'aquarium pour la faire entrer en contact avec l'air. Cette méthode est longue, fastidieuse et elle génère de nombreuses projections sur le sol.
Dans la mesure du possible, il est préférable d'utiliser la baignoire plutôt que les toilettes comme réceptacle des eaux usées de l'aquarium. Cela permet de débarrasser le sol des ses impuretés en toute sérénité. En effet les toilettes étant directement reliées aux égouts, aucune erreur n'est permise, alors qu'une baignoire dont la bonde est fermée permet une vérification du contenu et une récupération des alevins qui n'auront pas manqué de se laisser aspirer durant la phase de nettoyage. Je profite de la tranquillité que m'offre cette façon de procéder pour gratter les vitres pendant l'aspiration, éliminant ainsi de l'aquarium de plus de spores d'algues possible, qui ne demanderaient qu'à se disséminer dans le décor. Si toutes les parties de l'aquarium peuvent être nettoyées par aspiration, il faut toutefois prendre certaines précautions avec les plantes. Une trop forte dépression peut abîmer leurs feuilles en les déchirant. Il est par exemple préférable d'éliminer les algues filamenteuses à l'aide d'un bâton rugueux, ou tout simplement à la main, plutôt que de chercher à les aspirer. Les doigts sont également de très bons outils contre les algues encroûtantes recouvrant les feuilles, l'extrémité du tuyau étant positionnée à quelques centimètres, prête à les avaler.