Nettoyer un aquarium signifie également rendre les masses filtrantes plus opérationnelles. Cette opération revêt différents aspects en fonction de la configuration du système de filtration. En cas d'utilisation de charbon actif, toute tentative de nettoyage est inutile; jetez-le si cela s'impose et renouvelez-le .Cette assertion est valable également pour le perlon, à conditions qu'il ne soit pas l'unique matériau filtrant. Pourquoi nettoyer imparfaitement des matières peu onéreuses au risque de provoquer des catastrophes par colmatage ou rejet d'éléments toxiques ?.En aquariophilie, les petites économies entraînent souvent de grosses dépenses. Si les masses filtrantes sont constituée de mousse, elles peuvent être rincées à l'eau claire, sans jamais utiliser de détergent. Certains utilisent l'eau de vidange du bac pour rincer leurs mousses, afin de détruire le moins possible les bactéries entrant dans le processus de nitrification de l'azote et principalement logées dans les masses filtrantes. Un rinçage sous le jet d'eau tiède et peu violent du robinet convient en réalité parfaitement . En effet, plus la masse filtrante est poreuse et alvéolée, plus la quantité de bactéries est importante. Ces dernières sont parfaitement ancrées sur leur support, au point qu'il n'est pas aisé de les en déloger. L'élimination d'une partie de cette population n'a que peu d'influence sur le cycle de l'azote. Une substance de couleur marron-rougeâtre se dégage des mousses lorsque celles-ci sont pressées sous l'eau. On pourrait croire de prime abord qu'il s'agit l des résidus du métabolisme des poissons, mais cette couleur est essentiellement due au fer non assimilé par les plantes.
Le nettoyage de mousses dépend de leur nombre. Si le système de filtration n'en comporte qu'une seule, il est préférable d'alterner une semaine sur deux entretien du bac et rinçage de la masse filtrante. En effet, un nettoyage général risque d'entraîner un déséquilibre dans le cycle de l'azote. A contrario, si le bac comprend plusieurs mousses ou masses filtrantes diverses, il est possible d'en nettoyer une sur deux lors de l'entretien du bac. Le cas des masses filtrantes situées à l'extérieur de l'aquarium doit également être examiné avec circonspection. La cuve installée sous le bac de présentation servant de système de filtration, et accessoirement de nurserie ( nous l'avons tous fais un jour ), bien qu'efficace et pratique sur les plans technique et esthétique présente un danger réel. La quasi-totalité de la flore bactérienne du cycle de l'azote se trouve dans cette configuration à l'extérieur de l'aquarium. Le nettoyage d'une partie de ces mousses doit se faire obligatoirement en alternance avec celui de l'aquarium pour ne pas déstabiliser le biotope.
Les parties extérieures du bac sont lavées à l'eau claire avec une éponge exclusivement destinée à cet usage. Évitez dans la mesure du possible l'utilisation de tout produit chimique; la prévention est le meilleur des traitements.
Il est enfin temps de retirer à l'aide d'une épuisette tous les résidus flottant à la surface, généralement issus de la dégradation des plantes.
Lorsque toutes les opérations de nettoyage ont été menées à bien, il convient de remettre en fonctionnement le matériel électrique, chauffage, filtration, éclairage, minuterie …. car il serait désolant de voir ses protégés de mourir de froid ou d'asphyxie à cause d'un simple oubli.
Une dernière chose, vous êtes-vous bien lavé et rincé les mains avant de les plonger dans votre aquarium, et êtes-vous certain de ne pas avoir des blessures aux doigts nécessitant de port de gants avant de procéder à l'entretien ?