Il est souhaitable de prévoir une puissance de chauffage d'un watt par litre d'eau. En présence d'aquariums de grande capacité au-delà de 400 litres, il convient d'installer plusieurs thermoplongeurs pour obtenir la puissance adéquate. Installer un chauffage adapté au volume de son aquarium de suffit pourtant pas toujours. Si chauffer des bacs de petites contenances ne présente aucune difficulté, les plus grosses cuves peuvent être soumises à des problèmes de répartitions de la chaleur. C'est souvent le cas lorsque le milieu n'est pas correctement brassé. Il se crée dans ce cas des zones d'eau stagnante, néfastes à l'équilibre biologique (algues bleues), mais également plus froides. Invisibles à l'oeil nu, elles peuvent être détectées facilement en observant le comportement des poissons qui les contournent. Le brassage de l'eau est en effet primordial pour obtenir une température homogène dans tout le bac. L'emplacement idéale d'un élément chauffant se situe aux abords immédiats du point d'entrée de la filtration. Ainsi l'eau s'engouffrant dans le filtre présente une température constante, puis est diffusé dans tout l'aquarium après avoir été épurée.
Lorsque la cuve est d'une grande contenance et que plusieurs captages de filtration sont intégrés dans le décor, il faut positionner en élément chauffant devant chaque entrée. Il ne s'agit pas alors point de thermoplongeurs mais de résistances chauffantes, toutes reliées à un seul thermostat principal. La sonde est dans ce cas placée à l'endroit du bac le moins exposé aux courants. Certains filtres de grandes capacité intègrent depuis maintenant quelques années un système de chauffage. L'emplacement du combiné est situé dans le corps du filtre.